Kontroversi dikelilingi beberapa perlawanan kelayakan terakhir pada November 2009.

Dalam perlawanan kedua play-off antara Perancis dan Ireland, kapten Perancis Thierry Henry, tidak dilihat oleh pengadil, dua kali secara haram memegang bola sehingga mendahului dengan gol yang tidak boleh dikira, yang mana menyaksikan Perancis memjadi peserta 32 pasukan akhir dengan mengalahkan Ireland. Kejadian itu menyebabkan perdebatan meluas pada Permainan Bersih FIFA, dan bagaimana perlawanan perlu dirujuk di peringkat tertinggi. Persatuan Bola Sepak Ireland meminta ulangan atas alasan keadilan, tetapi ini telah dinafikan oleh FIFA di bawah Undang-undang Permainan.[10] Permintaan dilaporkan kemudian secara meluas oleh Ireland untuk memasukkan sebagai peserta Piala Dunia ke-33 yang belum pernah terjadi sebelumnya telah ditarik balik oleh FAI, dan ditolak oleh FAI sebagai persisian untuk petisyen yang lebih besar mereka yang lain untuk perubahan dalam dunia bola sepak yang dibuat kepada FIFA.[11][12]

Costa Rica juga mengemukakan gol kemenangan Uruguay di playoff CONMEBOL–CONCACAF.[13]

Berlaku banyak masalah sekitar dua perlawanan antara Mesir dan Algeria, dengan bas pasukan Algeria direjam sebelum mereka sampai di Kaherah, dan laporan peminat Mesir menyerang hendap selepas kali kedua di Khartoum, Sudan. Media tempatan membuat laporan yg mendebarkan, dan hubungan diplomatik antara negara-negara menjunam.

Sebagai tindak balas kepada insiden semasa kelayakan, dan kontroversi perlawanan penetapan, pada 2 Disember 2009 FIFA memanggil satu mesyuarat agung luar biasa Jawatankuasa Eksekutif mereka. Selepas mesyuarat itu, FIFA mengumumkan bahawa mereka akan menubuhkan suatu siasatan teknologi dan tambahan pegawai dalam permainan, tetapi mereka tidak mengumumkan langkah itu secara meluas dijangka pantas mengesan pengenalan pembantu pengadil garisan gol, sudah sedang diuji dalam Liga Europa, dan sebaliknya dinyatakan semula pertandingan itu di Afrika Selatan yang akan dirasmikan seperti sebelum ini, dengan hanya satu pengadil, dua pembantu, dan seorang pegawai keempat.[14] Pada subjek adil, Presiden FIFA Sepp Blatter berkata:

Saya merayu kepada semua pemain dan jurulatih untuk mematuhi permainan yang adil ini. Pada tahun 2010 kami mahu membuktikan bahawa bola sepak bukan hanya menendang bola tetapi mempunyai nilai sosial dan budaya...Jadi kami meminta pemain sila perhatikan permainan yang adil 'supaya mereka akan menjadi contoh kepada seluruh dunia.

—Presiden FIFA Sepp Blatter, [15]